在上海公共卫生许可证的办理流程如下：

1.申报：申请单位提出书面申请，填写《卫生许可证申请书》或《卫生许可证变更申请书》并递交符合卫生要求有关材料(材料要求见后)。

2.登记：依照卫生许可受理规定和公共场所许可的条件，对属于受理范围的申报材料进行核对、登记。新建、改建、扩建公共场所应按照预防性卫生监督工作程序，先办理建设项目卫生审查认可，按审核批准的内容施工，工程竣工后申办建设项目竣工卫生验收认可，再申报办理《公共场所卫生许可证》。

3.受理：经对申报材料审查后，卫生行政部门在5个工作日内对符合受理规定的发放《行政许可受理通知书》;不符合受理规定的发放《行政许可不予受理决定书》;对于资料不全的，发出《行政许可补正材料通知书》。

4.审查：卫生行政部门受理申请后，组织业务人员按照卫生法律法规及国家卫生标准要求，对申报材料进行审查，对经营场所现场进行审核，存在问题的，提出整改措施和意见。

5.决定：卫生行政部门自受理申请之日起二十日内，根据审查意见，对符合规定的，准予行政许可;不符合规定的，作出不予行政许可决定。

6.送达：卫生行政部门作出准予行政许可决定的，自作出决定之日起十日内向申请人颁发、送达《公共场所卫生许可证》。

注：办理卫生许可证过程中，卫生行政部门可根据法律法规、上级文件规定和实际情况要求申请单位补充其他相关资料。